有機農産物、有機加工食品の登録認定機関である特定非営利活動法人鹿児島県有機農業協会（鹿有協）（鹿児島市、守田和夫理事長）が、登録認定に必要な生産工程管理記録の根拠となる書類を確認することを義務づけた農水省告示に違反し、確認せずに事業者を有機農産物の生産工程管理者として認定していたのは不適正な認定業務だとして、同省は５月21日同協会に対しJAS法にもとづく業務改善を命じた。JAS法では、登録認定機関は農水省令で決めた基準に合った認定業務をおこなわなければならないとしている。
　鹿有協は、口頭の聞き取りだけで確認しないまま、事業者が生産工程管理記録の根拠となる書類を保存していると判断し、平成19年８月27日、事業者を有機農産物の生産工程管理者として認定していた。