農水省は９月28日に事故米対策本部の第２回会合を開き、流通ルートの全容解明を10月末をめどに進めることなどの工程表を決めた。米流通に関する厳格な検査マニュアルは10月第２週に策定し抜き打ち検査は即時実施する。また、食品衛生法上問題のある事故米は10月第１週に廃棄処分を行う。
　この不正転売問題の発覚で流通に関連した善意の事業者への回収費用などに対する支援策については、幹部職員が事業者を訪問し事情を聞くなどして、10月末に支援スキームを決定する。
　米の流通規制、トレーサビリティシステム、原料原産地米表示については次期通常国会での法案提出をめざし検討を進め11月中に新制度の骨格をまとめる。
　また、石破農相の指示で農林水産省の業務見直しにも取り組むことが決まった。「国内ＢＳＥ発生の際の反省がなぜいかされなかったか。極めて深刻に受け止めている」（石破農相）として▽全局庁・全地方組織の業務について消費者・国民の視点から総点検、▽米の売買業務についての見直しを柱に若手課長クラスを中心とする「農林水産省改革チーム」を立ち上げ、11月中に業務・組織のあり方についての骨格を公表する。