防疫指針では、疑似患畜（検査陽性家畜とその同居家畜）のすべては速やかに殺処分することになっている。４月22日現在、１例目は殺処分と埋却を完了。２例目は実施中、３例目は殺処分に着手した。　４月19日から▽通行制限（当該農場での殺処分までの72時間以内の間、農場とその周辺ですべてのものの搬出・搬入を制限）、▽生きた牛豚等について移動搬出の禁止と、と畜場の閉鎖をする移動制限（半径10km、殺処分完了後21日間、食肉の加工・出荷は可能）、▽搬出制限（半径20km、発生から21日間、区域外への牛豚等の移動禁止と家畜市場の閉鎖）の措置をとっている。
　また、各都道府県に対し、管内の偶蹄類家畜の所有者に対して、▽飼養家畜の異常の有無を確認、▽異常があった場合、家畜保健衛生所等に連絡、▽農場出入口での消毒など飼養衛生管理の徹底、を指導するよう通知した。