「部門会議」は国会の常任委員会ごとに設置。省庁横断的な課題では「プロジェクトチーム」、さらに中長期的な課題では「調査会」を設置する。
　部門会議は党側と副大臣が共同座長を務めることとし、農林水産部門会議は一川保夫参議院議員と篠原孝副大臣が就任している。
　政権交代後に設置された政策会議は一方的に政府側から説明する場だった。一方、議員政策研究会は議員の自主的なものだった。そのため党側の意見は政策研究会が提言として政府に提出するかたちとなっていた。
　両者が統合された「部門会議」では「決まる前の段階から説明し意見を聞いて練り上げていく。（政府と党が）対等の関係で政策を決めていきたい」（篠原副大臣）という。
部門会議の運営など議論する座長を中心として少人数のコアメンバー会議も設置されている。
　また、戸別所得補償制度や畜産・酪農対策などテーマごとにＷＴ（ワーキングチーム）が引き続き18設置されたほか、中長期的な課題を検討する「農林水産政策会議」も設置された。