改正卸売市場法は平成30年6月に食品流通構造改善促進法の改正とともに成立し、令和2年6月21日が施行日とされていた。農水省は、卸売市場が果たしてきた集荷・分荷、価格形成、代金決済などの調整機能は重要で今後も食品流通の核として堅持するとしている。ただ消費者ニーズに的確に応え、農林漁業者の所得向上につながる新たな需要の開拓や付加価値向上につながる食品流通構造を確立していくことが重要だとして改正を行った。改正の柱は、卸売市場の開設を国と都道府県による許可制から認定制に移行すること。農水省は施行前の関係者への説明会などで「卸売市場がなくても事実上ネットで卸売りが行われており、従来の許可制は実態にそぐわなくなった」などと説明している。

改正法では農林水産大臣が卸売市場に関し業務運営や施設などのついて基本方針を定めることになっている。その基本方針に即して共通の取引ルールを遵守できる卸売市場を農林水産大臣が中央卸売市場として認定、公表、指導する。地方卸売市場は都道府県知事が認定、公表、指導する。

共通の取引ルールは（1）売買取引方法の公表、（2）差別的取り扱いの禁止、（3）受託拒否の禁止（中央卸売市場のみ）、（4）代金決済ルールの策定・公表、（5）取引条件の公表、（6）取引結果の公表、（7）その他の取引ルールの公表の７項目。中央卸市場での受託拒否の禁止は改正後も共通の取引ルールとして明記された。

一方、その他の取引ルールとは第3販売、直荷引き、商物分離など。改正前は細かく規定されていたが、改正によって市場ごとに関係者の意見を聴いて定めることができることになった。

第3者販売を認めると卸売業者から大口需要者への販売が拡大することや、自荷引きが可能になれば仲卸業者が産地から小ロット品を直接仕入れるなどの拡大を指摘する意見もある。農林水産大臣は食品等の取引状況について定期的な調査を行い、その結果に基づいて必要な措置を講じるとされている。不公正な取引方法があると判断した場合は公正取引委員会に通知することになっている。21日現在で中央卸市場40都市65市場を認定した。