ゲノム情報から柿の近親交配の程度を推定 収量性低下を避けた育種を加速 農研機構2022年11月15日
農研機構と龍谷大学は共同で、カキの品種改良では、近親交配が収量性に関わる様々な形質に影響して、収量性低下を招くことを新たに見出した。この成果は、近親交配が進むことによって、果実重や樹勢など果樹の収量性に関わる重要な形質に悪影響が出ることを、ゲノム情報を基に近親交配の程度を推定することで発見。今後は、ゲノム情報を基に近親交配を避けることで、多収性完全甘ガキ品種の開発を進める。
日本のカキ産業活性化のため、これまで農研機構は、美味しく、外観がきれいで多収性の完全甘ガキを目標に、品種改良を進めてきた。食味や外観の面では改良が進んだが、現在は収量性の向上が大きな課題となっている。
カキの収量性に関わる性質や特徴（形質）のうち、果実重は近親交配によって減少することが、これまでに知られていたが、果実重以外の収量性に関わる様々な形質（果実数、樹勢、結実樹齢など）が、近親交配により、どのような影響を受けるかは不明だった。
農研機構は龍谷大学と共同で、大量のゲノム情報を高速に解析できるddRAD-seqを実施。得られた約1万か所のDNAマーカーを利用して、過去に品種改良に用いた交配組合せの近親交配の程度（近交度）を推定した。その結果、親同士の類縁関係が近い組合せほど、果実重、収量、および樹勢が低下し、結実樹齢も遅延することを見出した。このことは、近親交配が進むと、収量性の低い個体が増えることを示唆している。
今後は、ゲノム情報を基に近親交配を避けることで、多収性の完全甘ガキ品種の開発を効率的に進めていく。
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