本省に局長級の政策統括官を新設し、水田・畑作農業政策を一元的に担う体制を整備する。当面は、生産局の農産部（部長ほか農産企画課、穀物課、貿易業務課、地域作物課の一部）と経営局の経営政策課経営安定対策室を束ねる。
　また、災害対策・危機管理への対応を強化するため、その司令塔機能を大臣官房に集約することにともない、危機管理・政策評価審議官を配置する。
　試験研究、開発から実用化、普及までの専門領域を有機的に連携させ、農業の成長産業化の基礎となる技術行政を強化するため、司令塔となる大臣官房技術総括審議官が農林水産技術会議事務局長を兼務する体制もつくる。
　輸出など市場拡大に向け、食料産業局に食文化・市場開拓課と輸出促進課を設置する。また、国産飼料の生産・利用を推進するため生産局に飼料課を設置する。
　地方農政局は、地域の実情に応じて農政を機動的に推進するため地域センターを廃止し、現場と農政を結ぶ役割を担う地方農政局直属の地方参事官を各都道府県に配置する。県庁所在地を基本に北海道は複数名設置するため50名を予定している。