これまでJGAPには、青果（JGAP2010）、穀物、茶（両者ともJGAP2012）の基準書と総合規制（JGAP2014）があったが、今回作成された新たな基準書「JGAP2016」は、「日本発の国際規格目指す」ために、それぞれ「Basic」（ベーシック）と「Advance」（アドバンス）の2本立てとなっている。
　ベーシックは現行のJGAP基準書の後継で、最近国際的にも重視されている人権尊重などの新しい要素を加え「日本の標準的なGAPとして必要十分な内容を備え」ているという。一方、アドバンスは、世界的な認証制度GFSI（GFSI承認スキーム）の「ガイダンスドキュメントレベルのより広範囲にわたる食の安全に関するリスク管理や、労働者の雇用条件の確認等の追加要求に対応」したものとなっているという。
　そして「ベーシックには、アドバンスのみで要求される項目（アドバンス専用項目）が付属しており、これに追加して取り組めば、アドバンスへの移行が容易に行える」という。
　JGAP協会の萩野宏事務局長は、記者会見での質問に対して、グローバルGAP（GGAP）との関係について「相互認証は考えていない」と答え、その理由として、GGAPの本拠地はドイツにありその基準書などは「日本語訳はあるが、原文は英語で書かれている」とし、「日本でGAPをやるなら、日本語で書かれ、日本の法律に沿ってやることが望ましい」と説明した。
　このJGAP2016による審査受付は今年9月1日から開始する予定で、その間にJGAP2016を学ぶ基礎研修などを順次行っていくことにしている。なお、現行のJGAPによる審査も2017年8月31日まで並行して行っていくという。この場合、2年更新なので、2019年まで有効ということになる。
　現行のJGAP認証農場数は3954（今年3月末現在）あり、認証農場では「農薬や肥料の使い方や経営の効率化など、生産性向上」などで効果があがっているという。しかし、販売面でのメリットは「進んでいない、ブランド確立の土台」になっていけばと萩野事務局長はいう。また、都道府県のGAPや生協、流通業者の独自の基準との関係については、それらは「JGAPのような第三者認証制度がない」ことを指摘。JGAPには農協やメーカ関係者も含めて約4000名の指導員がおり、第三者認証4社に120名の審査員がいるなど「すそ野の広さ」を強調するとともに、それらを含めた「いろいろな取引のプラットファームに、JGAPがなればいい」とも話した。