主要農作物種子法は昭和27年に戦後の食料増産という国家的要請を背景に、稲・麦・大豆の種子について都道府県にその生産・普及を義務づける法律として制定された。これに基づき各都道府県は奨励品種の指定、原種・原原種の生産、採種ほ場の指定などを行ってきた。
　今回、農水省は、種子生産者の技術水準の向上などで種子の品質は安定してきたことや、多様なニーズに対応するため民間ノウハウも活用して品種開発を進める必要があるが都道府県の試験研究機関の開発品種が多くを占めていることから、民間企業との連携をした品種開発・供給が必要との考えから同法の廃止を打ち出した。
　同法の廃止には都道府県の試験研究機関の役割低下への懸念や、種子業界への外資参入を促進するものではないかなど不安の声がある。
　こうしたなか農水省は説明資料を作成し自民党の部会などに示した。
　それによると都道府県の役割については農業競争力強化支援法案に「都道府県が有する種子生産に関する知見の民間事業者への提供を促進する」との規定を入れて、位置づけているとしている。
　また、種子法に関する補助金は平成10年に一般財源化していることから、都道府県が行う優良な種子の供給に必要な地方交付税は今後とも確保するとしているほか、種子法の廃止により、「都道府県による稲・麦・大豆の種子の研究開発が阻害されることはない」と明記している。
　外資の参入については現在も可能であるとして種子法が外資参入を防止していたわけではないとして、「今後、民間事業者との連携により種子の開発・供給が活性化し、わが国の種子の優位性が高まれば外資との競争にも対抗できる」と説明している。