農薬工業会は、週刊現代の記事について8項目にわたって反論するとともに見解を説明している。

ひとつ目の指摘として、記事中の残留農薬に関する内容を記した「国内の残留基準値を下回っているからと言って油断はできない。日本の茶葉に対する残留農薬基準値は世界でも群を抜いて高いからだ」「農林水産省が発表している『諸外国における残留農薬基準値に関する情報』を確認すると、日本の残留農薬に対する規制は、海外に比べ非常に緩いことがわかります」の箇所について、残留農薬の基準の設定が、「毎日一生涯にわたって摂取し続けても健康への悪影響がないと推定される一日当たりの摂取量（ADI：許容一日摂取量）と一時的（24時間以内）に大量に摂取した場合でも悪影響を示さないと推定される摂取量（ARfD：急性参照用量）を食品安全委員会が設定した上で、農薬として使用された場合の推定摂取量がこのADI及びARfDを超えないよう、食品ごとに残留基準が設定されている」と指摘。さらに、「残留農薬の基準を個別に比較した場合、日本と諸外国では気候風土（高温多湿等）や害虫の種類が異なること、農薬の使用方法や検査する部位が異なる（玄米と籾米など）ことなどから、国や地域によって基準値が異なる場合がある」と説明している。さらに、残留農薬の基準値だけをみると、日本の基準が大きい場合もあれば、諸外国または国際基準の方が大きい場合もあり、「日本国内でも、作物によって農薬を使用する害虫の種類や使用方法が異なるため、作物によって基準値が異なる」と反論している。

また、二つ目の指摘として、記事中で、ネオニコチノイド系農薬のひとつであるジノテフランの基準値は欧州に比べ日本では2500倍の量の使用が認められているという内容に対し、農薬工業会は「同じ化合物であっても、農薬として登録のない国ではリスク評価を省略して一律に残留基準を定めている場合がある」として、「その値を登録のある国での残留基準値と比較して論じる事に意味はない」と反論した。

さらに、神経に与える影響について記事中の「ネオニコチノイドは虫の神経系を攻撃する農薬です。虫と人間の神経系の構造は変わりません。そのため、茶葉を通して摂取することで、人間に対しても脳・精神疾患を起こすと考えられています。その症状はうつ、短期記憶障害や多動といったものです。さらに、妊婦が摂取するとことで胎児の脳の発達障害を引き起こす可能性も危惧されています」という内容に対し、農薬による胎児あるいは幼少期における発達神経系への影響については、従来から実施されている3つの試験より精度が高く検出力の高い試験法として開発された「発達神経毒性試験法」が2019年4月1日のガイドライン改定の際に、神経毒性や繁殖毒性等の他の毒性試験の結果から必要と判断される場合は発達神経毒性試験が必要と明記されたと説明。また、日本で使われている主要なネオニコチノイド系農薬については、すでに発達神経毒性試験成績が提出されており、食品安全委員会で評価されているとし、「現在日本で登録されている農薬については、幅広い毒性試験が実施され、小児や妊婦への影響も考慮した安全性評価が実施され安全性が確認されている」と説明している。

また、残留農薬の基準について記事中の「一般には知られていませんが、茶葉は収穫後には一切洗われず、そのまま蒸されて製茶工程に入ります。そうして作られた茶葉をお湯に入れ、出てきたお茶を飲む。つまり、農薬を散布された茶葉が原料のお茶を飲むのは、農薬を飲んでいるようなものなのです」という箇所に対しては、「お茶については、栽培中に農薬が散布されている茶葉から作られた『製茶』が分析試料となっており、「残留基準値以内の食品を飲食しても健康上の問題を生じません」と断言している。