収入保険制度は品目の枠にとらわれず個々の農家の収入に着目したセーフティネットとしての機能を持つ。農業者の経営努力では避けられない収入減少を補てんする制度とされる。
　ただし、保険料を負担して加入する制度であり、自民党の小泉進次郎農林部会長は「補てんではなく保険だ」と盛んに強調している。
　農水省は収入保険制度の導入に向けて27年産を対象に全国1000経営体の協力を得て事業化調査を実施してきた。
　その調査結果をふまえて制度として現在、以下のように想定されている。対象者は経営管理を適切に行っている農業者で、要件として青色申告を５年間継続して実施していることがひとつの案となっている。
　補てんの対象は農業者ごとの農産物販売収入の全体。基準収入は農業者ごとの過去５年の平均収入を基本とする。
　補てんの内容は基準収入の一定割合（補償限度額）を下回った場合に一定割合（支払い率）を補てんするもので、現時点で補償限度額９割、支払い率９割が想定されている。
　課題は対象者を青色申告者とすると販売農家126.3万戸のうち43.4万人のみが対象となることだ。新規就農者など５年間の青色申告実績がまだない農業者の取り扱いも検討する必要がある。
　対象収入については自ら生産した農産物を加工品の原料とした場合のみ、その農産物を加工原料用として販売したとみなして収入に含めることができる一方、加工品自体の販売収入は対象に含めないことが想定されている。　また、基準収入についても経営面積を過去よりも拡大・縮小する場合などの基準収入の修正についても課題となる。
　保険料水準や国庫補助金の取り扱いも課題だ。収入減少の補てんの少ない加入者の保険料率を段階的に引き下げる一方、収入減少の補てんの多い加入者の保険料率を上げるなど、危険段階別の保険料も想定されている。　ＪＡグループは基本的考え方として、品目ごとの生産・販売や生産者の経営・税務申告の実態等をふまえた新たなセーフティネット対策を構築する必要があることや、現行の品目別経営安定対策（収入減少影響緩和対策、肉用牛肥育経営安定対策特別事業、野菜価格安定制度など）や農業共済制度と「並立する仕組み」とするなど、現場実態に応じた制度とする必要があると提起している。
　また、米の収入減少影響緩和対策（ナラシ対策）は生産調整達成が条件となっている。新たな収入保険制度も「需要に応じた生産」に取り組む農業者を対象とするか、需給調整に取り組まない農業者の扱いはどうするかも検討課題となる。
　農林中金総合研究所の平澤明彦主席研究員は「検討されている収入保険は品目横断的な農場収入ナラシ対策。単独では安定的な所得補てんを提供できない。ＴＰＰなどによる長期値下がり傾向のもとでは値下がりの影響を２～３年遅らせるだけ。日本ではゲタ対策や不足払いによる安定的な補てんが必要」と指摘している。