同アカデミーは、遺伝子組換え（ＧＭ）作物の活用は「日本農業のイノベーションに大いに貢献すると同時に日本の食料の安定供給へも貢献する」ものと考え、これまでも具体的な事案に即して研究推進に必要な提言を行ったり公開シンポジウム等で消費者に最新の研究も含めた状況を紹介するなどの活動を行ってきている。
　現在、消費者庁では遺伝子組換え食品表示の改訂の検討を行っているが、同アカデミーは、現行のＧＭ食品表示制度は「正確ではないため消費者の選択の自由を守ることができず、むしろ誤認が起きていることが問題である」と次のような問題点を指摘している。
　▽意図しない混入が少量であれば「遺伝子組換えではない」という表示を許容している現行の制度は、"正確であるべき"という表示の原則から外れる。
　▽表示の対象を、組換えられたDNAやこれによって生じたタンパク質の検出できない食品にまで拡げるという意見、そして、現行の原材料表示対象である5%以上、上位3品目から、すべての原材料へ拡げるという意見については、十分な議論と消費者の納得が必要と考える。
　という基本的な考え方に基づいて、以下の5点を要望している。
　1.遺伝子組換え表示制度は、安全性が確認された遺伝子組換え食品について、消費者の知る権利、選択の権利を担保するための制度であり、遺伝子組換え食品の危険性を暗示したり、遺伝子組換え不使用食品の安全性を誇示するものではないことを再確認し、その趣旨を消費者に広く知らしめること、特に、表示される遺伝子組換え食品は安全性が国によって確認されていることに関して十分な情報提供を行うこと。また、この趣旨に則り、消費者に誤解を生じない表示になるよう努めること。
　2.関連する食品を遺伝子組換え成分を使用しているものと使用していないものに正確に二分し、消費者の誤解の余地をなくすため、「遺伝子組換え不使用表示」は5%までの意図しない混入を容認する現行制度を改めて、不使用表示は遺伝子組換え成分がゼロの食品に限定すること。ただし、意図しない混入を容認し、その量を5%から下げる措置を請ずる場合には科学的な検証可能性と食品メーカーなどによる実行可能性を担保すること。
　3.現行の原材料表示対象である5%以上、上位3品目から、すべての原材料へ拡げること、その実施に当たっては、食品メーカーの実行可能性や消費者にとっての表示の優先順位と見易さが維持できるかどうかという観点からも検討すること。
　4.組換えられたDNAやこれによって生じたタンパク質を科学的に検出できない食品にまで表示制度を拡げないこと。
　5.遺伝子組換え表示に関してはＥＵ(欧州連合)と日本の食料供給事情が異なること、また、ＥＵが決めていることをどう実行しているのかについても検討し、いたずらにＥＵの受け売りをせず、日本の食料事情を十分理解し、科学的に実行可能な表示にすること。