気象庁の13日付けの一か月の予報で、気温は北日本で平年並みまたは高く、東・西日本と沖縄・奄美で高いと予想されている。また降水量は北・西日本日本海側、東日本太平洋側と沖縄・奄美で平年並みまたは多く、西日本太平洋側で多い。日照時間は北日本日本海側、西日本、沖縄・奄美で平年並みか少ないとしている。
　農水省は、8月下旬から10月上旬にかけて台風による降雨や防風が続き、被害のあった地域では病害が発生しやすくなっていると注意を喚起している。

　詳しい予報については次の通り（表の赤字は、各地の平均値より多い予想、黒字は平年よりやや多いと予想される地域）。

【水稲】
　次シーズンへの伝染源の防除に努めるよう喚起している。
　またトビイロウンカは秋ウンカとも呼ばれ、8月以降から発生量が多くなり、急激に発生密度が上昇することで坪枯れなどの被害がおきる。九州地域は11月上旬まで晩生品種の収穫が続くため、注意するよう呼び掛けている。なお、5日に佐賀県で注意報が発表されている。

【豆類】

　ハスモンヨトウは9月28日に佐賀県で注意報が発表されている。

【野菜・花き】
　
　ハスモンヨトウは9月28日に佐賀県で注意報が発表されている。
　タバコガ類は多くの地域で発生が多いと予想されている。早期発見につとめ防除するよう注意を喚起している。

【果樹・茶】

　ナシ黒星病は多くの地域で発生がみられ、収穫が終了している地域もあるが、園内の菌密度が高まると来年も発生が多くなる。このため一時伝染源となる落葉やりん片に形成された病斑の除去が重要。適切な防除を呼びかけている。
　モモせん孔細菌病は台風の風雨に見舞われた地域で樹体上に病原菌が拡散した可能性があり、来年の春型枝病斑の発生が多くなることが懸念される。そのため収穫後の防除を喚起している。

【その他】
　9月20日以降、都道府県が発表している警報はない。
　特殊報は次の通り。
▽9月23日　神奈川県でコマツナにコマツナ黒斑細菌病（新称）
▽28日　大分県でサツマイモにヨツモンカメノコハムシ
▽29日　京都府でナスにヒメジュウジナガカメムシ
▽同日　高知県でニラにカンザワハダニ
▽30日　茨木県でナスにトビイロシワアリ
▽同日　栃木県でメボウキ（バジル）にメボウキべと病
▽10月3日　岐阜県でホウレンソウにホウレンソウべと病（レース12）
▽12日　福岡県でトマトにトマトフザリウム株腐病
▽同日　高知県でカンショにヨツモンカメノコハムシ