カンキツでは、1つの種子が交雑胚だけでなく、種子親と同一のゲノムを持つ多数の胚（珠心胚〔しゅしんはい〕）を含む多胚性という現象が見られる。
　交雑胚と珠心胚は外観からの区別が難しく、多胚性の種子を播いても、両親から遺伝子を引き継いだ個体（交雑胚個体）をほぼ獲得できない。このため、カンキツの交雑育種を進める際は、多胚性を示さない個体（＝単胚性の個体）を利用することが不可欠となる。したがって、優れた特性を持っていても多胚性の品種は一般的に種子親として利用されていない。
　そこで農研機構は、多胚性の制御に関わる遺伝子の探索をすすめ、ＣｉｔＲＫＤ1（シトアールケーディーワン）という遺伝子を特定した。
　さらに、ＣｉｔＲＫＤ1について、多胚性を示す遺伝子型と単胚性を示す遺伝子型を容易に区別できるＤＮＡマーカーを開発。同マーカーは、国内で育成された95種類に及ぶカンキツの品種や系統について多胚性と単胚性を区別することができた。
　このため同マーカーを利用することで、芽生えの段階で多胚性の個体を効率よく除去できるため、交雑組み合わせに用いる親品種を限定することなく、優れた特性を持つ新品種の育成を効率的に推進できる。
　詳細は、（研究成果） カンキツの多胚性を制御する遺伝子を特定（農研機構）で公開されている。

種子親が多胚性の場合と単胚性の場合の参考図（農研機構Ｗｅｂサイトのプレスリリース資料抜粋）