パルシステム生協連は、かねてより「ＴＰＰは食の安全性確保や国内農林水産業など、くらしや地域社会全体が崩壊する可能性が高い」と考え、交渉参加に反対を表明し、2012年4月には「ＴＰＰへの参加に反対し、日本の『農林水産業』の再生を求める署名」5万5948筆を内閣総理大臣に提出。さらに、15年1月に設立した「ＴＰＰ交渉差止・違憲訴訟の会」では、産直産地の生産者をはじめとする関係団体とともに中心的な役割を果たしてきている。
　今回の大筋合意についても、ＴＰＰは「社会基盤、国の制度までを大きく変える危険性を持っている」にもかかわらず「十分な説明や議論がないまま、農林水産業や労働、医療・保険など多くの分野で深刻な影響が懸念される」ことから、改めてＴＰＰ反対を表明した。

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