企画部会委員の萬歳章ＪＡ全中会長は規制改革会議の農協改革などの意見について「非常に極端な内容。現場では不安と混乱を起こす」と批判。
　また、農業政策については「この審議会（食料・農業・農村政策審議会）の場で議論すべきこと。規制改革会議で議論すべきものではない」と主張した。
　一方、生源寺眞一委員（名古屋大学教授）は規制改革会議の提言について「問題提起としてしっかり受け止めるべきだと思う。ただし、体系的、あるいは歴史の流れをふまえたうえでどうするかを考えていく必要がある」と述べた。
　その理由として旧農業基本法には、農産物や生産資材の販売・流通など「農協が明瞭に政策のなかに位置づけられるような条文があった」とし、一方、現在の食料・農業・農村基本法には「農業協同組合という言葉は一切出てこない。しかしながら、（基本法に）書かれていないが、基本法の政策に非常に強く影響を持つ可能性のある問題が農協の問題だ」と指摘した。
　そのうえで、現行の法制度上の位置づけを整理して、新基本計画を検討している企画部会でも議論する必要があると主張した。

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