重要政策の司令塔となる局長級の政策統括官（仮称）を設置する。設置は10月から。それまでに担当する重要政策課題を決めるという。また、大臣官房審議官を２人増員。「地方創生」と「輸出促進」など国際関係を担当する。
　ロボット技術やＩＣＴ（情報通信技術）を活用したスマート農業の展開、「強み」のある農産物づくりの推進などに向けた技術行政を強化するために大臣官房に技術政策室（仮称）を設置する。
　大臣官房が担当していた日本食・食文化振興を食料産業局に一元化するとともに、食文化サービス課（仮称）、海外展開・輸出促進課（仮称）を設置し、国内外の市場拡大のための体制を強化する。
　鳥獣害対策は農村振興局に一元化して、鳥獣対策室（仮称）とする。また、日本型直接支払制度を推進するため同局に日本型直接支払室（仮称）を設置する。
　地方組織は、地域センターを見直し、現場と農政を結ぶ役割を担う地方農政局長直属の地方参事官（仮称）とその他の担当官を県庁所在地に常駐させる。県庁所在地を基本に北海道は複数設置するため50名を予定している。そのほか経営局が担当していた自然災害対策を大臣官房に、高齢者対策を農村振興局に移管するなどの再編を行う。

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