25年７〜９月期の配合飼料価格は、前期に比べ業界平均でトン当たり1449円（全農は1300円）の値上げとなった。この値上げに伴い配合飼料安定基金（通常基金）の補てん額は、業務方法書上トン5050円の値上げとなったが、昨年秋移行の高騰に補てんを続けてきたことから、７〜９月期の補てん財源が不足する状況になった。
　このため国は６月に、通常基金の財源不足対応として、満額補てんに不足する額の２分の１相当額（トン当たり1325億円、81億円）を、特別交付金として交付する緊急対策を発表した。
　ＪＡグループは、残りの不足額について国と同額のトン当たり1325円の補てんを行い、７〜９月期の安定基金の補てんと合せて、実質的な満額補てん（トン当たり5050円）の実現となった。

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