熊本地震では農地や農業関連施設など生産基盤に大きな被害が発生していることから、出資面から被災農業法人の財務安定化を支援するため「熊本地震対策ファンド」を創設した。
　資金枠は5億円。日本政策金融公庫とＪＡグループの共同出資で設立した「アグリビジネス投資育成株式会社」が一定の条件を満たした農業法人に出資する。投資金額の上限は3000万円（条件を満たせば1億円まで可）。出資比率は原則として総発行済株式数の50％以内。出資期間は最長15年。7月から募集を開始する。
　また、熊本・大分県内のＪＡでも住宅被害を受けた方に対する低利の住宅関連融資が行われる。
　農林中央金庫は、一日も早い復興をサポートするため熊本支店内に「復興対策支援室」を設置した。