農水省は平成27年4月以降に獣医師法等を担当する部局に在籍していた、または現在も在籍している職員（局長級から係長・係員級など）36人を対象に愛媛県文書を受け取ったか、保有しているかどうかなどを消費・安全局総務課および大臣官房秘書課がヒアリングを行った。
　その結果、職員（課長補佐級）1名が「面談結果について」と題された文書を保有していた。この職員は平成27年5月に獣医師法の担当になったときに、文書を前任職員から紙ベースで受け取った。公表された資料の左側にはパンチした跡があることからファイルに綴じられていたことが示されている。

（写真）写真をクリックすると文書のＰＤＦファイルが見られます。

　
　すでに報道され愛媛県知事も県職員の備忘録とされた文書と同様に柳瀬首相秘書官の「本件は首相案件」と発言があったと明記されている。齋藤農相によれば、今回のヒアリングで職員が「言われてみればあったね、ということでファイルのなかからこの文書を見つけてきた」と説明し、「それほど深い認識があったとは思っていない」と話した。
　この文書は獣医師養成系大学の設置に関するもので、農水省は所掌事務とは関係ないと考え、行政文書の管理は行わず保有し、このため当該職員は担当から異動した際には、後任者には渡さず個人用のファイルに綴っていたという。
　また、当該職員の前任者はこの文書を見た記憶も後任者に渡した記憶もないとしており、異動の際に渡した資料のなかに含まれていたかもしれないと回答したという。
　この文書は愛媛県知事が認めた報道された文書と同様に、平成27年4月2日に県と今治市、加計学園事務局らと内閣府藤原次長、柳瀬首相秘書官らと面談した結果が記されている。藤原地方創生推進室次長の発言として｢要請の内容は総理官邸から聞いており」との記述や柳瀬首相秘書官の「本件は首相案件となっており、内閣府藤原次長の公式のヒアリングを受けるという形で進めていただきたい」などの記述もある。
　ただ、作成された日付が報道された文書では4月13日になっていたが、農水省で確認された文書は3日となっている。
　また、最後の文章も異なっているが、齋藤農相は「いずれにしてもこれは見ていただくと分かるとおり、県の内部で、上に説明するような体裁の紙。どこが作ったかは地域政策課と書いてあって、これ、県庁の課ですよね。それを持ってこられたということだと思います」と述べ、「文書が省内にあったということは事実」とし、書かれている内容についての違いなど「真偽っていうのはわれわれは分かりません。作成した愛媛県あるいは知事に聞いていただきたい」と述べた。
　ただ、この日、組織として共有して公表した文書であることから今回の調査結果とともに、今後は行政文書に該当するのではないかとの考えを示した。

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