水田活用の直接支払交付金は30年度当初予算では3304億円だったが、飼料用米の1.2万ha作付け減少で支払い見込み額は3059億円となった。これに対して31年度予算では増額となる3215億円を確保した。
　飼料用米、麦、大豆等の戦略作物の単価や助成体系は維持し、作付面積の増加にも対応して支援する。
　維持された単価を改めて示すと、麦・大豆・飼料用作物は10ａ3.5万円、ＷＣＳ用稲は同8万円、加工用米は2万円、飼料用米・米粉用米は収量に応じ同5.5万円～10.5万円となっている。
　また、産地交付金により主食用米からのさらなる転換促進のため深堀り支援を追加する。産地交付金は飼料用米、米粉用米で多収品種に取り組む場合、同1.2万円が配分される。そのほか、ソバ、ナタネ、新市場開拓米に同2万円、畑地化（交付対象水田からの除外）に同10.5万円を配分する。
　さらに転換作物が拡大し（1）主食用米の面積が29年度以降の「最小面積よりさらに減少した場合」は面積に応じて同1万円の加算措置があったが、31年産に限り（2）「緊急転換加算」として30年産より主食用米の面積が減少した場合に同5000円を配分する。生産者によっては31年産の取り組みでさらに主食用米の作付けを減らした場合は（1）と（2）の両方の措置で配分を受けることもできる。
　また、（3）「高収益作物等拡大加算」として、主食用米が30年産より減少し、園芸作物、新市場開拓米、加工用米、飼料用米とうもろこしを作付けた場合、同2万円を加算する。
　水田活用の直接支払交付金は▽飼料用米、米粉用米の生産拡大（37年度までに飼料用米110万ｔ、米粉用米10万ｔ）、▽飼料自給率の向上（同40％）、▽麦・大豆等の作付面積の拡大（同麦28.1万ha、大豆15万ha）、▽担い手の飼料用米の生産コストを10年間で5割削減（37年度まで）を政策目標としている。